Η ιστορία του Audi S3 πρώτης γενιάς ξεκίνησε το 1999, δύο χρόνια αργότερα ήρθε μία αισθητική αναβάθμιση με ελαφρώς ισχυρότερο κινητήρα και η παραγωγή ολοκληρώθηκε στα μέσα του 2003.
Στο πίσω μέρος, χαρακτηριστική είναι η χρωμιωμένη διπλή απόληξη του συστήματος εξάτμισης και η διακριτική αεροτομή.