Το νέο μηχανικό σύνολο του Fabia προέρχεται από το ίσης χωρητικότητας αλλά εξαβάλβιδο μηχανικό σύνολο των 55 ίππων που διέθετε η Skoda ήδη από το 2002 (δεν πωλείται στην Ελλάδα). Ο νέος κινητήρας είναι όμοιος με τον 1.200άρη που κινεί και τα VW Polo και Seat Ibiza, έχει 12 βαλβίδες, δύο εκκεντροφόρους επικεφαλής και είναι κατασκευασμένος από κράμα αλουμινίου επιτυγχάνοντας αρκετά μικρό βάρος. Ως τρικύλινδρος εμφανίζει τραχιά και αρκετά θορυβώδη λειτουργία, χωρίς όμως αυτή να συνοδεύεται από ενοχλητικές δονήσεις. Στην πράξη ο κινητήρας είναι αρκετά ελαστικός και προσφέρει ικανοποιητικές ποσότητες ισχύος και ροπής τουλάχιστον στις χαμηλές και μεσαίες στροφές. Οι επιδόσεις είναι ικανοποιητικές για τα δεδομένα της κατηγορίας και γι' αυτές ευθύνονται οι σχέσεις του κιβωτίου οι οποίες με εξαίρεση την πρώτη είναι σημαντικά πιο κοντές από αυτές της ισχυρότερης έκδοσης των 1,4 λίτρων και 101 ίππων. Οι απαιτήσεις σε καύσιμο είναι πολύ λογικές.
Σύγχρονος και αρκετά ισχυρός είναι ο κινητήρας των 1,2 λίτρων που διαθέτει το Fabia.
